1.宣伝
プロメアはアニメ界隈では、あの「グレンラガン」の今石監督が、などと周知されていましたからオタク層にはそれなりに認識していましたし、またクチコミも十分あったと思います。しかし世間一般にはやはりそこまでのものはありませんでしたから、十分に認知されているとは言えない状況でした。
興行収入と宣伝には密接な関係がありますが、作品の出来栄えと興行収入は必ずしも比例しません。ジブリを例にとってみてもDVD100万枚を超える「天空の城ラピュタ」も当時映画館まで観に行ったのはマニアックなオタクだけでした(DVD1位は400万枚を超える同じくジブリの「千と千尋の神隠し」)。逆にファンからは酷評されても、続編であったり宣伝により多くの人が観て興行収入の高い作品も多くあります。
そういった観点からして、「プロメア」は今後評価される作品だと思いますが、その作品の出来から考えると興行的にはイマイチなんではないでしょうか。
2.主題歌
映画のヒットにはキャッチーな主題歌の存在が多大な影響を与えます。絶対無ければいけないというわけではありませんし、例え素晴らしい楽曲があってもそれだけで映画がヒットするわけではありません。最近のアニメでいえば「君の名は。」におけるRADWIMPによる「前前前生」は大きかったと思います。逆に「打ち上げ花火、下から見るか?横から見るか?」における米津玄師の「打上花火」なんかは曲が素晴らしいにも関わらず映画は残念ながらそこまで評価されませんでした。アニメ以外でも「タイタニック」のセリーヌ・ディオン「My heart will go on」なんかが良い例ですね。
さて振り返ってみて「プロメア」の場合superflyの「氷に閉じ込めて」は残念ながらそこまで観衆の心を鷲掴みにするような楽曲ではなかったように思います。ここはやはりヒットを狙うのであれば今はやはり米津玄師あたりがBetterな選択肢だったとおもうのですが。音楽自体は澤野弘之氏がてがけており盤石な体制だっただけに惜しいカンジがします。
3.テーマ
基本設定に火消しというのがありますが、それでもロボットが出てくる「SF」であることは変わりません。この「SF」というテーマは日常からかけ離れており、ファンには抵抗ないどころかより魅力的に映るわけですが、世間の一般層からするととっつきにくいテーマだったりします。そのあたりが「君の名は。」などとは大きく違ってくる点です。ゆえに社会現象にはいたらずに一部マニアに絶賛、というレベルで終わってしまうのが現状ではないでしょうか。
このあたりが大きな理由だと思います。個人的には十分満足のいく作品でしたが、個人的にはヒロインに不満な点がないわけでもありませんからひょっとしたらそのあたりもあるのかもしれません。